Большую значимость для развития православной христологии имеют сочинения Григория, направленные против ереси Аполлинария Лаодикийского. В трактовке Аполлинария Воплощение было соединением предвечного Божественного Логоса с человеческой плотью: Логос во Христе стал и руководящим разумным началом, и элементом, оживотворявшим плоть.¹ Иначе говоря, Логос выполнял функции, которые в обычном человеке выполняют ум и душа. Отрицая наличие человеческой души и ума в воплощенном Слове, Аполлинарий отрицал полноту человеческой природы во Христе. Антиохийскую терминологию "двух природ" Аполлинарий не допускал и говорил о Христе как "одной воплотившейся природе Бога Слова".²
     Григорий впервые упомянул об учении Аполлинария в Слове 22-м, где назвал его "братской распрей" (zygomachia adelphikē), предполагая, очевидно, что речь идет лишь о частном мнении, от которого Аполлинарий, "во всем остальном человек умный" может отказаться. Однако уже тогда Григорий четко заявил о том, что в учении Аполлинария является абсолютно неприемлемым: если не весь человек воспринят, то "не весь и спасен, хотя весь пал и осужден за преслушание первозданного".³ Нарушив заповедь Божию в раю, человек пал прежде всего умом, и именно ум как образ Божий оказался в нем поврежденным; следовательно, ум падшего человека в наибольшей степени нуждается в исцелении. По Аполлинарию же, спасена только "половина" человека, только тело:

     Наиболее последовательное опровержение ереси Аполлинария содержится в трех посланиях Григория, из которых два адресованы пресвитеру Кледонию и датируются приблизительно 382 г., а одно адресовано преемнику Григория по Константинопольской кафедре Нектарию и написано около 387 г., после удаления Григория из Константинополя.⁵
     В 1-м послании к Кледонию Григорий приводит те же аргументы против Аполлинария, которые содержатся в цитированном выше стихотворении: только то, что соединилось с Богом, спасено, а "невоспринятое не исцелено"; всецелый Адам пал, а, по Аполлинарию, спасена только одна его половина.⁶ Григорий опровергает также мнение Аполлинария о том, что в одном существе невозможно совмещение "двух совершенных": как в человеке сосуществуют тело, душа, ум и Дух Святой, так и в Богочеловеке возможно сосуществование двух совершенных природ.⁷ Григорий, далее, обвиняет Аполлинария в докетизме:⁸ если Христос был Богом, воспринявшим на себя человеческую плоть, как некую личину, то Он не был полноценным человеком, и все, что Он совершал как человек, было одним "лицемерным театральным представлением" (drama tēs hypokriseōs). Напротив, если Вочеловечение произошло с целью разрушения греха и спасения человека, то подобное должно было быть освящено подобным, а следовательно "Он нуждался в плоти ради осужденной плоти, в душе ради души и в уме ради ума, который в Адаме не только пал, но и первым пострадал".⁹ Наконец, Григорий усматривает в новоявленном учении признаки субординационизма: хотя Аполлинарий признавал Духа Богом, однако лишил Его силы Божества; Троица в его понимании состоит из "большого, большего и самого большого" и представляет собой "лестницу Божества", которая, по словам Григория, "не ведет на небо, но сводит с неба".¹⁰
     Соединение Бога и человека в Лице Иисуса Христа не было каким-то искусственным и временным союзом двух противоположных природ. Бог воспринял на Себя человеческое естество навсегда, и Христос не отбросил плоть после Воскресения: Его тело не перешло в солнце, как думали манихеи, не разлилось по воздуху и не разложилось, но осталось с Тем, Кто воспринял его на Себя. Второе пришествие Христа, по мнению Григория, будет явлением Господа в человеческом теле, впрочем, таком, в каком Он явился ученикам на горе, то есть преображенном и обоженном.¹¹
     2-е послание к Кледонию весьма сходно по содержанию с 1-м посланием, причем главным обвинением против аполлинариан остается обвинение в докетизме:

     Григорий подчеркивает, что аполлинарианство является новой ересью, существующей не более тридцати лет, и что оно противоречит четырехвековой христианской традиции. Аполлинарианскому докетизму противопоставляется православное учение о Христе как совершенном Боге и совершенном человеке:

     Таким образом, Григорий распознал в аполлинарианстве опасное уклонение от православной доктрины, несмотря на то, что некоторые пункты учения Аполлинария (вера в Божество Святого Духа, разграничение двух природ) соответствовали позиции Каппадокийцев. Отношение Григория к аполлинарианству менялось в худшую сторону: если вначале он называл его "братской распрей", то в поздние годы он осознал, что речь идет о ереси, за которую следует отлучать от Церкви. В письме к Нектарию Константинопольскому Григорий выражает недоумение по поводу того, что его преемник по константинопольской кафедре позволяет аполлинарианам устраивать церковные собрания наравне с православными. Говоря о попавшем ему в руки сочинении Аполлинария, Григорий утверждает, что изложенное там "превосходит всякое еретическое лукавство". В этой книжке, по свидетельству Григория, Аполлинарий утверждает не только то, что Христос не имеет человеческого ума, но и что Сын Божий изначально, до Своего человеческого рождения, обладал плотью, которую принес на землю. Более того, Аполлинарий учит, что сам Единородный Бог "Своим собственным Божеством принял страдание" и что "во время того тридневного умерщвления тела вместе с телом соумерщвлялось и Божество, которое, таким образом, было затем воскрешено Отцом".¹⁶
     Борьба, которую Григорий вел с аполлинарианством, еще раз подтверждает, что этот человек, достаточно толерантный к своим современникам, когда дело касалось отдельных богословских формулировок, и допускавший известную свободу в рамках "почти одного и того же догмата", становился решительным и непримиримым, если речь заходила о спасении и обожении человека. Ересь Аполлинария, так же, как и ересь Ария, подрывает учение об обожении всецелой человеческой природы воплотившимся Словом: именно поэтому Григорий объявляет ее "злом, направленным на ниспровержение здравой веры".¹⁷