Святитель Амвросий мыслит Церковь не только как внешнюю организацию, установленную Богом, но и как явление внутреннее, постепенно раскрывающееся и осуществляющееся в мире. Понятие о Церкви дается им в раскрытии двух противоположных определений Града Божия (Цивитас Деи) и града земного (цивитас террена). Под именем Цивитас Деи он разумеет Церковь как Божие государство, под именем цивитас террена разумеет не какую-либо определенную политическую организацию, а вообще мир с царствующим в нем грехом, или людей, живущих естественной жизнью. Долг христианина удаляться от града земного, потому что его град есть Небесный Иерусалим. Отличным признаком последнего от Церкви земной служит его абсолютное совершенство и нравственная чистота. Членами его являются все Небесные Силы. Люди входят в состав его только после кончины, но не все в одинаковой мере.
     Церковь есть кафолическая. Святитель Амвросий этим термином обозначает церковное собрание из представителей разных стран и народностей. Образующая собой связь верующих во Христа, Церковь обнимает всю разумную тварь, потому что вся разумная тварь духовно живет благодатью Христа и силой ниспосланного Им Духа Святого. Христос - все и во всем. Отсюда Церковь называется Небом, ибо в ней есть святые и сами Ангелы; называется также миром, ибо к ней принадлежат и члены земные. Как состоящая из земных членов, Церковь наполняет всю землю, включает в себя собрание всех народов, не полагая различия между ними по национальным или сословным признакам. По времени своего существования Церковь есть царство постоянное и вечное, существует от века в Божественном предопределении и имеет существовать во все времена. Достигнуть Неба можно только через посредство Церкви земной. Участие в Цивитас Деи, существующем на земле, служит переходом к участию в Цивитас Деи на Небе. "Надлежит остерегаться, чтобы кто-либо, будучи однажды воспринят Христом через Крещение, не отделялся от Его Тела, то есть не извергался из Церкви, ибо это равносильно непрестанной смерти" (Ин. Пс. 40). Отделяющийся от Святого Алтаря отделяется и от Небесного Иерусалима, уходит подобно блудному сыну на чужбину. Поэтому собрания еретиков и схизматиков, как отделенных от Церкви - Цивитас Деи, - являются собраниями нечистого духа (Экспозицио Эвангелии секундум Лукам).
     Земная Церковь есть собрание как святых, так и грешников, которых Церковь приводит ко спасению. Церковь - это организм, или Тело Христово, и подобно телу человеческому состоит из разных по значению и деятельности членов, и при всем том остается единым Телом, так что каждый из его членов, как бы мал и незначителен он ни был, необходим для всего Тела церковного и пользуется помощью других. В случае же страданий одного страдают и все остальные. И если для тела тяжело лишиться одного члена, то несравненно тяжелее для Церкви лишиться одного человека. И если через удаление одного члена расстраиваются и другие, то также через пренебрежение к каждому верующему расстраивается и целостность церковного собрания. Святитель Амвросий картинно описывает положение земных членов в церковном организме. "Все мы, - пишет он, - составляем одно Тело Христа. Главой которого является Бог, а мы служим его остальными членами: среди последних есть глаза, как, например, Пророки; существуют зубы, как Апостолы, которые брашно евангельской проповеди влили в наши внутренности... руками этого тела служат те, которые занимаются совершением добрых дел; есть и чрево, которое образуют верующие, подающие бедным силы к существованию; некоторые являются ногами", а еще ниже их - пяты (Эпист. 41). Отсечение от Церкви должно совершаться с большой осмотрительностью: с одной стороны, для ограждения всего общества от опасности соблазна, а с другой стороны - для побуждения грешников к раскаянию.
     Как Тело, Церковь есть тесно сплоченное единство. Основой этого единства служит народ (санкта плебс). (Ср.: творения святителя Киприана Карфагенского, у которого основой единства считается епископат). У святителя Амвросия не столько народ поставляется в зависимость от иерархии, сколько наоборот. Свою паству святитель Амвросий называет даже своим родителем, родившим его путем избрания для епископства. По причине такого значения народа Божия в его помощи нуждается всякий кающийся: прощение он получает благодаря молитвам за него всего народа. Для большей убедительности в последнем святитель Амвросий приводит пример: Господь воскресил сына наинской вдовы, видя слезы многих. Весьма важным основанием церковного единства служит Христос, стоящий во главе его, а также единство веры и любви. Поэтому разрушение единства усматривается святителем Амвросием в извращении веры и нравственной нечистоте.
     То, что в учении святителя Амвросия о Церкви обнаруживает его как писателя Запада, есть его отношение к святому Апостолу Петру. Хотя он никаких выводов в отношении Римского епископа, признаваемого преемником Апостола Петра, не делает и не говорит о каких-либо прерогативах его или Римской Церкви перед другими, но употребляет ряд выражений, которые якобы предполагают особое положение Апостола Петра среди других Апостолов и, соответственно, в Церкви. Святой Апостол Петр, по мысли святителя Амвросия, имел всю веру, за что и получил ключи Царства Небесного, чтобы открывать в него вход другим, но кто имеется здесь в виду под другими - Апостолы или вообще верующие, - святитель Амвросий не поясняет, мало того, немного выше в том же рассуждении он говорит, что Господь требовал великой веры и от всех других Апостолов (см.: Экспозицио Эвангелии секундум Лукам). Дальше, святитель иногда выражается, что святой Апостол Петр предпочитается всем, что ему, как более совершенному, Христос поручил управлять менее совершенными, что где Петр, там и Церковь. Но во всех подобных случаях нет речи об особенном положении и правах Апостола Петра в Церкви. Так рассуждает святитель Амвросий, когда говорит только об одном Петре, не имея в виду других Апостолов. Когда же он говорит об Апостоле Петре вместе с другими Апостолами, то всех их одинаково называет столпами Церкви. Равным образом, когда он говорит и об Апостоле Павле, не имея в виду других Апостолов, в том числе и Апостола Петра, то упоминает о преизобильной благодати на нем, о его превосходстве. Так характеризует святитель Амвросий и других святых Апостолов.